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這幾個數據庫輕松搞定2020年的科研煩惱~

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Genbank庫包含了所有已知的核酸序列和蛋白質序列,以及與它們相關的文獻著作和生物學注釋。它是由美國國立生物技術信息中心(NCBI)建立和維護的。它的數據直接來源于測序工作者提交的序列;由測序中心提交的大量EST序列和其它測序數據;以及與其它數據機構協作交換數據而來。Genbank每天都會與歐洲分子生物學實驗室(EMBL)的數據庫,和日本的DNA數據庫(DDBJ)交換數據,使這三個數據庫的數據同步。Genbank的數據可以從NCBI的FTP服務器上免費下載完整的庫,或下載積累的新數據。NCBI還提供廣泛的數據查詢、序列相似性搜索以及其它分析服務,用戶可以從NCBI的主頁上找到這些服務。

Genbank庫里的數據按來源于約55,000個物種,其中56%是人類的基因組序列(所有序列中的34%是人類的EST序列)。每條Genbank數據記錄包含了對序列的簡要描述,它的科學命名,物種分類名稱,參考文獻,序列特征表,以及序列本身。序列特征表里包含對序列生物學特征注釋如:編碼區、轉錄單元、重復區域、突變位點或修飾位點等。所有數據記錄被劃分在若干個文件里,如細菌類、病毒類、靈長類、嚙齒類,以及EST數據、基因組測序數據、大規模基因組序列數據等16類,其中EST數據等又被各自分成若干個文件。

NCBI的數據庫檢索查詢系統是Entrez。Entrez是基于Web界面的綜合生物信息數據庫檢索系統。利用Entrez系統,用戶不僅可以方便地檢索Genbank的核酸數據,還可以檢索來自Genbank和其它數據庫的蛋白質序列數據、基因組圖譜數據、來自分子模型數據庫(MMDB)的蛋白質三維結構數據、種群序列數據集、以及由PubMed獲得Medline的文獻數據。
Entrez提供了方便實用的檢索服務,所有操作都可以在網絡瀏覽器上完成。用戶可以利用Entrez界面上提供的限制條件(Limits)、索引(Index)、檢索歷史(History)和剪貼板(Clipboard)等功能來實現復雜的檢索查詢工作。對于檢索獲得的記錄,用戶可以選擇需要顯示的數據,保存查詢結果,甚至以圖形方式觀看檢索獲得的序列。更詳細的Entrez使用說明可以在該主頁上獲得。
(2)向Genbank提交序列數據
NCBI的網址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Entrez的網址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
BankIt的網址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BankIt
Sequin的相關網址是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/
02.EMBL核酸序列數據庫
 
SRS的網址是:http://srs.ebi.ac.uk/
 
日本DNA數據倉庫(DDBJ)也是一個全面的核酸序列數據庫,與Genbank和EMBL核酸庫合作交換數據。可以使用其主頁上提供的SRS工具進行數據檢索和序列分析。可以用Sequin軟件向該數據庫提交序列。

DDBJ的網址是:http://www.ddbj.nig.ac.jp/
04.GDB數據庫
 

 

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目前GDB中有:人類基因組區域(包括基因、克隆、amplimers PCR 標記、斷點breakpoints、細胞遺傳標記cytogenetic markers、易碎位點fragile sites、EST序列、綜合區域syndromic regions、contigs和重復序列);人類基因組圖譜(包括細胞遺傳圖譜、連接圖譜、放射性雜交圖譜、content contig圖譜和綜合圖譜等);人類基因組內的變異(包括突變和多態性,加上等位基因頻率數據)。GDB數據庫以對象模型來保存數據,提供基于Web的數據對象檢索服務,用戶可以搜索各種類型的對象,并以圖形方式觀看基因組圖譜。

GDB的網址是:http://www.gdb.org
GDB的國內鏡像是:http://gdb.pku.edu.cn/gdb/


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